Laboratorio di oncologia molecolare

Nato con l’intento di effettuare analisi molecolari in campo oncologico, il laboratorio di oncologia molecolare (Lom) offre supporto agli anatomo-patologi dal punto di vista diagnostico, qualora l’analisi citologica risulti dubbia, ed ai clinici, per ciò che concerne la prognosi e la scelta della terapia. Tutto ciò viene realizzato analizzando specifiche alterazioni del genoma presenti nei diversi tumori, su richiesta del medico specialista tramite le strutture ospedaliere convenzionate.

La storia
La Fondazione Edo ed Elvo Tempia ha avviato nel gennaio 2011 un’attività di diagnostica molecolare in collaborazione con l’Anatomia Patologica dell’azienda ospedaliera universitaria Maggiore della Carità di Novara, creando il laboratorio di oncologia molecolare. Lo scopo della collaborazione è quello di fornire una caratterizzazione molecolare dei tumori per tutti i pazienti afferenti al quadrante del Piemonte nord-orientale (province di Biella, Vercelli, Novara, Verbania-Cusio-Ossola).
Negli anni sono state stipulate convenzioni con altre aziende sanitarie piemontesi sulla base delle diverse specifiche necessità (come Asl di Biella, Asl di Alessandria, Aso di Cuneo).

Lo staff
Lo staff del laboratorio si compone di figure altamente specializzate, che affiancano alla routine diagnostica lo svolgimento di progetti di ricerca clinica e traslazionale. Personale specializzato in patologia clinica e biochimica clinica assicura l’adeguata qualità delle prestazioni diagnostiche svolte. L’impiego di dottori di ricerca in oncologia umana, medicina molecolare, sistemi complessi applicati alla biologia post-genomica, bioingegneria e bioscienze garantisce il costante aggiornamento dello staff nelle diverse patologie oggetto di studio. Il personale tecnico è stato formato tramite master in molecular diagnostics.

Metodiche e strumentazioni
– Next-Generation Sequencing (NGS): Sequencing by Synthesis (MiSeq, Illumina) and Ion Torrent (PGM, Thermo Fisher Scientific). Grazie a queste metodiche è possibile analizzare numerosi geni in contemporanea, a partire da un quantitativo molto ridotto di materiale biologico (DNA, RNA) su tessuto o biopsia liquida.
– Sequenziatore automatico del DNA: AB3500dx (Life Technologies). Il sequenziamento diretto consente di identificare qualsiasi tipo di alterazione nella composizione in basi del DNA (mutazioni puntiformi, delezioni, inserzioni, etc…). Il Sequenziatore viene inoltre utilizzato per l’analisi di frammenti ad alta risoluzione.
– Real-time PCR: modello Aria Dx qPCR instrument (Diatech Pharmacogenetics) utilizzato in abbinamento a kit commerciali certificati per la diagnostica in vitro CE-IVD al fine di identificare mutazioni a livello del DNA nei principali geni a valenza predittiva di risposta alle terapie e farmacogenetica.
– Reverse dot-blot: Tendigo (Fujirebio), utilizzato per la genotipizzazione molecolare del virus HPV tramite kit commerciale CE-IVD con metodica reverse dot-blot.

Prestazioni
Le patologie tumorali oggetto di studio sono numerose ed in alcuni casi prevedono un approccio a pannello o flow-chart. In particolare, per il melanoma, il carcinoma del colon-retto ed i tumori gastro-intestinali-stromali (GIST) vengono analizzati più marcatori molecolari in sequenza al fine di utilizzare il miglior approccio cost-effectiveness nella selezione della terapia biologica per ciascun paziente, in base al proprio profilo molecolare. Le analisi condotte possono servire ad identificare i pazienti responsivi a farmaci già in commercio, oppure essere atte ad identificare pazienti eleggibili per trial clinici con farmaci in sperimentazione. Per le lesioni tiroidee, invece, l’utilizzo di un approccio a pannello ha lo scopo di ausilio alla diagnosi nei casi di lesioni citologicamente indeterminate; il risultato di tali analisi può quindi incidere sulla gestione del paziente e sulla eventuale scelta chirurgica, nonché di follow-up.

Elenco Prestazioni
Sequenziamento di nuova generazione (NGS)
– BRCA1, BRCA2 per la predittività di risposta ai PARP-inibitori. Elenco dettagliato delle regioni target.
– Analisi HRD per l’instabilità genomica per la predittività di risposta ai PARP-inibitori nelle pazienti con tumore ovarico di alto grado (comprendente i geni: AKT1, ATM, BARD1, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CCNE1, CDK12, CHEK1, CHEK2, ESR1, FANCA, FANCD2, FANCL, FGFR1, FGFR2, FGFR3, MRE11, NBN, PALB2, PIK3CA, PPP2R2A, PTEN, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD54L, TP53) 
– Myriapod Cancer panel DNA per il rilevamento di mutazioni nei 17 principali oncogeni target: ALK, BRAF, EGFR, ERBB2, FGFR3, HRAS, IDH1, IDH2, KIT, KRAS, MET, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, POLE, RET e ROS1 (tumori solidi vari). Elenco dettagliato delle regioni target.
– Myriapod Cancer panel RNA per il rilevamento di fusioni geniche di ALK, ROS1, RET, NTRK1, NTRK2, NTRK3, FGFR2, FGFR3, PPARG e dello skipping dell’esone 14 di MET nell’RNA totale (NSCLC e altri tumori). Elenco dettagliato delle regioni target.
– Implementazioni di eventuali pannelli target ad-hoc per particolari patologie
Analisi di Frammenti ad alta risoluzione
– Instabilità microsatellitare (MSI) in caso di sospetta sindrome di Lynch oppure come marcatore predittivo di risposta all’immunoterapia in vari tumori solidi
– MLPA analisi delle copy number variation dei geni BRCA1 e BRCA2
Real-time PCR e Sequenziamento Sanger
Il sequenziamento diretto del DNA e la Real-Time PCR vengono utilizzate per individuare mutazioni nei seguenti geni:
– BRAF (esone 15) in pazienti affetti da melanoma, carcinoma della tiroide, carcinoma del polmone e carcinoma colon-rettale
– KRAS (esoni 2, 3 e 4) in pazienti affetti da carcinoma colon-rettale, carcinoma del polmone
– NRAS (esoni 2,3 e 4) in pazienti affetti da carcinoma colon-rettale, melanoma
– HRAS (esoni 2 e 3) in lesioni tiroidee e melanocitarie dubbie (nevi di Spitz, melanoma spitzoidi)
– c-KIT (esoni 9,11,13, 17 e 18) in pazienti affetti da GIST, melanomi
– EGFR (esoni 18,19, 20 e 21) in pazienti affetti da carcinoma del polmone
– pTERT in melanomi e lesioni tiroidee
– PDGFRα (esoni 12, 18) in pazienti affetti da GIST
– PIK3CA (esoni 4, 7, 9 e 20) in tumori solidi
– RET (esoni 10, 11, 14, 15 e 16) in pazienti con lesioni sospette per carcinoma midollare della tiroide
– NTRK (riarrangiamenti NTRK1, NTRK2 e NTRK3) in tumori solidi
– DPYD in pazienti in pre-terapia con fluoropirimidine
– Fusioni di ALK, ROS1, RET e MET in pazienti affetti da carcinoma del polmone (Elenco dettagliato delle fusioni identificabili)
Reverse dot-blot
Genotipizzazione molecolare HPV (32 genotipi), eseguita mediante metodica Reverse Dot Blot. Questo tipo di indagine trova riscontro in ambito ginecologico, dermatologico e otorinolaringoiatrico al fine di identificare con certezza l’eziologia di alcune lesioni ad evoluzione maligna.

Materiale richiesto per analisi
Le analisi molecolari vengono eseguite a partire da tessuto fissato, sangue intero o biopsia liquida. Le modalità di invio e la tipologia di materiale da inviare al laboratorio dipendono dagli accordi presi in fase di stipula del contratto con l’utente (convenzionamenti con enti pubblici, affidamenti diretti, gare di appalto e similari).
Per maggiori informazioni a riguardo si rimanda all’istruzione operativa “Informazioni agli Utenti” (IO 01 PRO 24, fornita su richiesta).

Tempi di refertazione
I risultati delle analisi molecolari vengono inviati in forma di referto, firmato elettronicamente, tramite PEC. Il referto viene conservato su Infocert secondo normative vigenti.
Gli esiti dei test (esclusi quelli condotti in NGS) vengono refertati entro 5 giorni lavorativi dall’accettazione. I risultati dell’analisi condotte con metodica NGS vengono refertati entro 3 settimane dall’accettazione (mediamente 2 settimane). Le registrazioni strumentali relative agli esami eseguiti verranno conservate per i successivi 5 anni, salvo diverso accordo con gli utenti.

Standard di Qualità
Politica della qualità
Accreditamento UNI EN ISO 15189:2013
LOM è accreditat0 presso Accredia come laboratorio medico (M 0017) per esami nella disciplina genetica medica. Il dettaglio degli esami accreditati è disponibile ad inizio pagina.
Il Lom ha stipulato una convenzione con Accredia in cui vengono definiti i reciproci obblighi. Il mantenimento dell’accreditamento comporta la verifica periodica da parte di Accredia della competenza tecnica e gestionale del laboratorio in conformità ai requisiti previsti dalla norma UNI EN ISO 15189:2013 “Laboratori medici – Requisiti riguardanti la qualità e la competenza” e agli ulteriori requisiti Accredia.
Controlli di qualità
Al fine di garantire la qualità del lavoro svolto in primis ai pazienti ed ai clinici, il laboratorio di oncologia molecolare aderisce periodicamente ai controlli di qualità europei organizzati dall’ente di riferimento EMQN (European Molecular Genetics Quality Network).
Il laboratorio di oncologia molecolare è in possesso dei certificati di qualità, necessari allo svolgimento delle analisi mutazionali previste dal D.P.C.M. del 12 gennaio 2017 nel settore della genetica molecolare.
Controllo di qualità nazionale AIOM-Siapec per la valutazione delle mutazioni di:
Kras Nel Carcinoma Del Colon-Retto (2012)
Braf Nel Melanoma (2012)
Carcinoma Del Colon-Retto (2014)
Egfr Nel Carcinoma Polmonare (2015)
Colon-Retto (2016)
Melanoma (2016)
Controlli di Qualità Europei Emqn
Colorectal Cancer Sporadic – 2017
Lung Cancer (Nsclc) – 2018
Ovarian Cancer Somatic Ngs – Pilot – 2018
Melanoma – 2019
Hboc (Brca1/Brca2 Testing Only) – 2020
Ovarian (Somatic) – 2020
MSI – 2020”

Come raggiungerci
In auto da Torino (km. 72):
autostrada A4, uscita Santhià; svoltare a sinistra sulla SS143 direzione Biella, fino all’ingresso della città (rotonda dopo l’Ipercoop); proseguire a sinistra in direzione Ospedale degli Infermi di Biella.
In auto da Milano (km 75) o da Novara (km 57): autostrada A4, uscita Carisio; svoltare a destra, dopo 1 km al bivio (Crocicchio di Carisio) svoltare a sinistra sulla SS230 direzione Biella; all’ingresso di Biella (rotonda con al centro installazione di arte moderna); proseguire a sinistra in direzione Nuovo Ospedale degli Infermi di Biella.
In auto da Genova (km 180), Alessandria (100), Asti (90), dall’Emilia-Romagna e dalle Regioni centro-sud (altri centri a sud di Vercelli): raggiungere Vercelli (per chi arriva dalla A26 uscita Vercelli Ovest); percorrere tutta la tangenziale di Vercelli in direzione nord dove inizia la SS230 Vercelli-Biella (v. percorsa da Vercelli). da Vercelli (km 43): SS230 Vercelli-Biella; all’ingresso di Biella (rotonda con al centro installazione di arte moderna); proseguire a sinistra in direzione Nuovo Ospedale degli Infermi di Biella.
In treno: Biella è raggiungibile via ferrovia da Santhià oppure da Novara. La stazione Biella San Paolo è a circa 2 km da Ponderano ed è collegata con Santhià (collegamenti regionali con Torino e Vercelli) e con Novara (collegamenti con Milano).
Gli orari di partenza dei treni da Santhià e da Novara sono reperibili sul sito di Trenitalia.
Davanti alla stazione Biella San Paolo è possibile reperire un taxi o un autobus che con anello urbano collega il Nuovo Ospedale degli Infermi di Biella.

Contatti
Dott.ssa Maria Scatolini – direttore del Laboratorio
tel: 015 1515 3143 | email: maria.scatolini@fondazionetempia.org
Laboratorio oncologia molecolare presso Nuovo “Ospedale degli Infermi di Biella”, via dei Ponderanesi, 2 – 13875 – Ponderano (BI)
email: oncomolab@fondazionetempia.org | fax: +39/015.1515.3146