Laboratorio di genomica

Il laboratorio di genomica ha come obiettivo lo studio delle alterazioni dei tessuti tumorali, attraverso l’analisi del genoma e del trascrittoma. Nel corso degli anni, ha stretto importanti collaborazioni scientifiche con istituti di ricerca sia italiani sia esteri e convenzioni con università e aziende ospedaliere su tutto il territorio nazionale. Il laboratorio accoglie studenti per lo svolgimento di tirocini formativi e/o tesi di laurea di I o II livello, di master o di dottorato di ricerca, in convenzione con le università. L’équipe dei ricercatori è multidisciplinare ed è composta da matematici, chimici, biologi, bioinformatici e biotecnologi. In questi anni ha contribuito alla realizzazione di prestigiose pubblicazioni scientifiche su riviste internazionali di altissimo livello, consultabili qui.

Obiettivi
Il laboratorio è nato con l’intento di individuare nuovi marcatori in grado di caratterizzare i tumori dal punto di vista molecolare, sviluppa progetti di ricerca volti a scoprire indicazioni utili per poter predire l’aggressività delle neoplasie e/o la risposta a terapie antitumorali quali radioterapia, chemioterapia o le nuove terapie a bersaglio molecolare, in ambito sia neoadiuvante (prima dell’intervento chirurgico) sia adiuvante (dopo l’intervento chirurgico). Tutto ciò viene realizzato analizzando il genoma e/o il trascrittoma di tessuti tumorali prelevati da casistiche anonime di pazienti ed associando i risultati di queste analisi ai dati clinico-patologici del tumore e al follow-up del paziente.

Strumenti e Analisi
Il laboratorio dispone di una piattaforma per microarray che consente di effettuare, su vasta scala, l’analisi dei profili di espressione di geni, lncRNA e microRNA, l’analisi di amplificazioni e delezioni, di SNPs e CNVs, l’analisi dei profili di metilazione del DNA e dei siti di binding per fattori trascrizionali, mediante ChIP su array. Condivide con il laboratorio di oncologia molecolare una piattaforma NGS per sequenziamento di DNA e analisi di pannelli di geni. Dispone anche di un tissue-arrayer e di strumentazione e software per analisi di RT-qPCR.
Analisi sperimentali ed elaborazione dati (provenienti da esperimenti sia di microarray sia di RNA-seq e ChIP-seq) vengono realizzate in-house ed offerte anche come servizio per conto terzi, non solo in ambito oncologico.

Contatti
Responsabile Laboratorio:
Dr.ssa Giovanna Chiorino
giovanna.chiorino@fondazionetempia.org
tel. 015 351830
fax 015 21116

Progetti e collaborazioni
Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA) Innovative Training Network (ITN)

Attività di ricerca sul tumore della prostata
Predizione della trasformazione neuroendocrina nel tumore prostatico
Meta-PSA: analisi di metaboliti circolanti nel plasma abbinati al PSA per identificare con maggiore accuratezza la presenza di tumore prostatico
The role of a clinical decision support system based on bi-parametric MRI and microRNA for prostate cancer diagnosis (in collaborazione con IRCCS Candiolo)

Attività di ricerca sul tumore della mammella
Progetto Andromeda per la personalizzazione dello screening mammografico (in collaborazione con CPO Torino)
Analisi dell’espressione genica in tumori mammari di donne marocchine (in collaborazione con l’Università di Casablanca)
Progetto 3tx3n per la classificazione del tumore del seno triplo negativo (in collaborazione con Policlinico Gemelli di Roma)

Attività di ricerca sul tumore dell’orofaringe
Gene Expression Profiling and Prediction of Survival in Oropharyngeal Tumors

Attività di analisi dati
Lung cancer (exosome microRNA profiling su plasma di pazienti trattati con Nivolumab, in collaborazione con Ospedale San Martino Genova)
Squamous cell carcinoma & melanoma (analisi dati RNA-seq & ChIP-seq in collaborazione con Università di Losanna)
Pancreatic & ovarian cancer (analisi dati RNA-seq e gene expression profiling, in collaborazione con Istituto di Ricerche Farmacologiche Mario Negri Milano)
Colon cancer (analisi dati RNA-seq & ChIP-seq in collaborazione con Istituto Regina Elena Roma)