Laboratorio di genomica

Il laboratorio di genomica ha come obiettivo lo studio delle alterazioni dei tessuti tumorali, attraverso l’analisi del genoma e del trascrittoma. Nel corso degli anni, ha stretto importanti collaborazioni scientifiche con istituti di ricerca sia italiani sia esteri e convenzioni con università e aziende ospedaliere su tutto il territorio nazionale. Il laboratorio accoglie studenti per lo svolgimento di tirocini formativi e/o tesi di laurea di I o II livello, di master o di dottorato di ricerca, in convenzione con le università. L’équipe dei ricercatori è multidisciplinare ed è composta da matematici, chimici, biologi, bioinformatici e biotecnologi. In questi anni ha contribuito alla realizzazione di prestigiose pubblicazioni scientifiche su riviste internazionali di altissimo livello, consultabili qui.

Obiettivi
Il laboratorio è nato con l’intento di individuare nuovi marcatori in grado di caratterizzare i tumori dal punto di vista molecolare, sviluppa progetti di ricerca volti a scoprire indicazioni utili per poter predire l’aggressività delle neoplasie e/o la risposta a terapie antitumorali quali radioterapia, chemioterapia o le nuove terapie a bersaglio molecolare, in ambito sia neoadiuvante (prima dell’intervento chirurgico) sia adiuvante (dopo l’intervento chirurgico). Tutto ciò viene realizzato analizzando il genoma e/o il trascrittoma di tessuti tumorali prelevati da casistiche anonime di pazienti ed associando i risultati di queste analisi ai dati clinico-patologici del tumore e al follow-up del paziente.

Strumenti e Analisi
Il laboratorio dispone di una piattaforma per microarray che consente di effettuare, su vasta scala, l’analisi dei profili di espressione di geni, lncRNA e microRNA, l’analisi di amplificazioni e delezioni, di SNPs e CNVs, l’analisi dei profili di metilazione del DNA e dei siti di binding per fattori trascrizionali, mediante ChIP su array. Condivide con il laboratorio di oncologia molecolare una piattaforma NGS per sequenziamento di DNA e analisi di pannelli di geni. Dispone anche di un tissue-arrayer e di strumentazione e software per analisi di RT-qPCR.
Analisi sperimentali ed elaborazione dati (provenienti da esperimenti sia di microarray sia di RNA-seq e ChIP-seq) vengono realizzate in-house ed offerte anche come servizio per conto terzi, non solo in ambito oncologico.

Progetti e collaborazioni
Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA) Innovative Training Network (ITN)
Analisi di biomarcatori circolanti per una diagnosi precoce e non invasiva del tumore della mammella
Analisi di biomarcatori circolanti per una diagnosi precoce delle recidive di melanoma

Attività di ricerca sul tumore della prostata

In corso
DP3 Diagnosi precoce e prognosi del tumore prostatico: un modello integrato tra biologia e tecnologia (La Fondazione è il promotore del progetto, che si svolge in collaborazione con Asl Biella, l’ospedale Molinette di Torino e l’Iigm Torino)
Plasma Attività fisica e metabolismo degli sfingolipidi circolanti per la prevenzione del tumore prostatico
Nodes Sviluppare una piattaforma digitale con un’interfaccia intuitiva per gli anatomopatologi, per migliorare l’accuratezza della diagnosi, integrando i dati genomici e molecolari, e ridurre i tempi di attesa per i pazienti. Il progetto è in collaborazione con Aequip, Aethia e le unità di anatomia patologica dell’Asl Biella e dell’ospedale Molinette di Torino

Conclusi:
Predizione della trasformazione neuroendocrina nel tumore prostatico
Meta-PSA Analisi di metaboliti circolanti nel plasma abbinati al PSA per identificare con maggiore accuratezza la presenza di tumore prostatico
Il ruolo di un sistema di supporto nella decisione clinica basato sulla risonanza bi-parametrica e l’analisi dei microRNA circolanti per la diagnosi precoce del tumore della prostata (in collaborazione con l’Ircss Candiolo)

Attività di ricerca sul tumore della mammella
Andromeda Personalizzazione dello screening mammografico, in collaborazione con Centro di riferimento per l’epidemiologia e la prevenzione oncologica in Piemonte (Cpo) di Torino
Confluence Partner in consorzio internazionale per determinare un polygenic risk score sempre più preciso per predire la predisposizione a sviluppare il tumore della mammella
3Tx3N Classificazione del tumore del seno triplo negativo, in collaborazione con Policlinico Gemelli di Roma
Analisi dell’espressione genica in tumori mammari di donne marocchine, in collaborazione con l’Università di Casablanca

Attività di ricerca sul tumore del colon-retto
Biofit Personalizzazione dello screening per il tumore del colon, in collaborazione con il Cpo di Torino

Attività di ricerca sul melanoma
Mactrem Identificazione di biomarcatori prognostici sesso-specifici nei melanomi di stadio I e II, in collaborazione con l’Asl di Biella

Attività di ricerca sul pseudomixoma del peritoneo
Pmp Creazione di una coorte multicentrica europea per accelerare le nuove prospettive terapeutiche per lo pseudomixoma del peritoneo.

Attività di ricerca sui tumori resistenti alle terapie convenzionali
Torak Un nuovo bersaglio terapeutico per i tumori resistenti alle cure tradizionali: AKR1C3

Attività di ricerca sull’autismo
Sirio Studio multicentrico su microRNA e autismo

Attività di ricerca sulle infezioni respiratorie
Silk Sars-CoV-2 e non solo: portare fino alla sperimentazione umana un candidato farmaco antivirale pan-coronavirus.

Attività di analisi dati
Tumore del polmone: exosome microRNA profiling nel plasma di pazienti trattati con Nivolumab, in collaborazione con Ospedale San Martino Genova
Carcinoma squamocellulare e melanoma: analisi dati di RNA-seq & ChIP-seq in collaborazione con Università di Losanna
Tumore del colon: analisi dati di RNA-seq & ChIP-seq in collaborazione con l’Istituto Regina Elena Roma
Tumore dell’ovaio e del pancreas: analisi di dati di RNA-seq e di gene expression profiling, in collaborazione con l’Istituto di ricerche farmacologiche Mario Negri Milano
Colangiocarcinoma: analisi dati di RNA-seq in collaborazione con l’Università di Firenze
Tumore orofaringeo e rinofaringeo: analisi di espressione genica in collaborazione con l’Istituto nazionale tumori (Int) di Milano

Altre attività
Art and science across Italy: un progetto “steam” tra la scienza e l’arte con l’Istituto nazionale di fisica nucleare e il Cern di Ginevra rivolto alle scuole secondarie italiane di secondo grado.

Contatti
Responsabile Laboratorio:
Dr.ssa Giovanna Chiorino
giovanna.chiorino@fondazionetempia.org
tel. 015 351830
fax 015 21116